Toà thẩm giáo thông thường chỉ tố giác tà thuyết của những tín đồ Công giáo và không có quyền xét xử người Moor và người Do Thái.[6]

Phần lớn các bản án phạt sám hối như đeo thánh giá may trên áo, đi hành hương và v.v.[7] Nếu bị khép tội tà giáo chẳng hối lỗi thì pháp luật yêu cầu toà thẩm giáo giao phạm nhân cho toà án nhà nước xử phạt. Tuy hình phạt tuỳ theo luật lệ địa phương,[8][9] song bản án của những tội phản giáo bao gồm thiêu sống và thường thì bị đày đi xa hoặc bỏ tù chung thân. Sau vài năm, tù nhân thường được giảm án. Vì thế nên các thẩm giáo tuy không tự mình phán quyết nhưng vẫn biết số phận của bất cứ bị kết án ở toà.[10]

Trong quyển Sổ tay thẩm giáo có viết mục đích của hình phạt: … hình phạt chính nó không chủ yếu để cải tạo người bị phạt, nhưng để phục vụ lợi ích chung bằng cách làm những người khác kinh sợ mà buông những tà ác mà họ sẽ gây nên.[11]